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BC16000年前，华北地区温度进一步下降，在冰期中的气候突变是比较频繁的。而这是第四纪冰期最后的寒冷时期，黄河流域的各部落处于收缩时期。温暖的长江流域范围内的巢湖流域的有巢氏部落兴盛起来。
有巢氏的首领（姑且命名为有巢）出生在湖南九嶷山以南的苍梧，成年之前一直是在各地流浪的孤儿，由于从小颠沛流离，所以体格非常壮硕。在流浪到巢湖流域的凌家滩时，被招赘入当地部落（当时由于盘古的要求，当时婚姻已经实行母系氏族的外婚制，而不再是原始人群的内婚制）。
之前说过长江流域很难挖洞，所以人口发展缓慢。只能呆在少数的山洞中生活。有巢因为部落中的人们经常受到蛇虫鼠蚁的滋扰，开始想方设法解决这些困扰人类的问题。因为在流浪的过程中，受鸟类在树上筑巢的启发，研究出了鸟类筑巢的枝条编织方法以及稀泥弥缝的方法，算是中国最早的木匠，今天所有的木匠技术都来自于这种枝条编织的方法。
有巢想能不能利用这种方法在树上搭建类似鸟巢的“人巢”呢？有巢开始试验，并且经过长年的努力终于成功了。有巢指导族人用树枝和藤条在高大的树干上建造房屋，房屋的四壁和屋顶都用树枝遮挡得严严实实，并且用泥弥缝。既挡风避雨，又可防禽兽的攻击，人们从此不再过那种担惊受怕的日子。
后来人们将其发扬光大，以木桩做基础，上架板台，板台架空于地面。板台上立柱、作墙、盖顶，成为茅屋。栖息在木桩上的茅屋，也就是“构木为巢”了。在上面可以躲避禽兽。不要小看这个巢，它最令人惊叹之处在于，木桩之间是通过榫卯结构连接（就像现在的椅子那样，以方孔和方栓把两根木杠咬合一起）。在金属工具出现以前的石器时代，作出这种榫卯结构的巢无疑是空前奇迹。
巢上面住人，下面堆放杂物，养猪养狗，通风好，防潮，蚊虫飞上去的也少，是南方先民的理想居址。这也是“吊脚楼”的祖先。
今天之所以找不到有巢氏的遗迹，是因为木制房屋很难保存。但是其后人留下了凌家滩遗址（BC3500～3300年）。
族人们非常感激这位发明巢居的人，便推选他为族长（二元制的CEO），尊称他为有巢氏，当时的人是没有名字的，只有有重大贡献的人才会有公认的号，而这个号往往也与其贡献的内容有关，而有巢氏也成为其它部落识别该部落的名字。有巢氏被推选为部落酋长后，为大家办了许多好事，名声很快传遍中华大地。
在北方由于南方的种种不便，不得不迁徙到黄河流域的人类各氏族，听说了有巢氏解决了南方的定居难题，纷纷从寒冷的北方迁居到有巢氏居住的巢湖流域。希望学到有巢氏的技术。有巢氏也不辞辛劳地指导各氏族建造树上巢屋。
各部落的人们都认为他德高望重，有圣王的才能，一致推选他为总首领，尊称他为“巢皇”，也就是部落联盟的大酋长。立都石楼山。汉代纬书《遁甲开山图》说：“石楼山在琅玡，昔有巢氏治此山南”，即安徽滁州琅琊山（琅耶山）。
BC16164年,华夏大地的人们抛弃了黄河流域的统治，改为遵奉长江流域（巢湖流域）有巢氏的指导。政治中心首次转移到了长江流域。