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因为之前的政策里面包含了中华军将在土着人的居住地点建立军事据点，所以这个时候调查人口的工作人员能够在军队的保护之下对土着人口进行一些列的调查和登记。
对于土着人来说，中华军的这些活动使得他们有一点点的不安，因为他们心里十分害怕这些华人会来伤害他们，但是中华军的士兵和调查人员随后的行动渐渐的打消了他们心中的顾虑，这些人只是详细的询问他们家庭的人口，姓名年龄等基本信息，还给青壮年的劳动力发放了一个凭证，据说是可以依据这个东西在马尼拉里面找到工作。
土着人之前多半是跟着西班牙人打洋工的，虽然大多数的土着都是靠种田打猎为生，但是因为他们自己的生产技术比较落后加上自己的田地也比较少，所以很多人便跑到了附近的西班牙的庄园和工厂里面去打短工。
之前三角贸易比较发达的时候，南洋到中国的航线上面遍布着许多欧洲的海船，这些船只来到亚洲之后需要补充水手和船员，还有一些庄园和官员资助的冒险家，也就是半商半海盗的这些船只，为了降低风险和人力成本，大批的招募了当地的土人，因此很多马尼拉的土着人跟着这些冒险家们常年在外闯荡，对中国的沿海地区的袭扰也比较频繁。
这个时候中华军已经赶走了吕宋岛上的主要的西班牙人，虽然遍布于各地的西班牙人的势力还没有完全清除，但是他们的主要的抵抗力量已经不复存在了，所以摆在中华军面前的下一个目标就是南洋的海盗。
这个时候正值大航海时代，欧洲的航海技术相较于一个世纪之前已经有了长足的进步，活动在南洋的海盗既有明末的几大势力，也有欧洲的商人兼海盗，更有当地的土着人。
明朝末年，郑芝龙受到朝廷招安之后，开始对盘踞在福建广东海南一带的海盗进行征讨。前后历经三四年的时间，将主要的对手刘香和荷兰联军击败，东南海疆各股武装集团李魁奇、杨六、杨七、钟斌等均唯郑芝龙之命是从，沿海一带的海上局势为之一肃。但是这个时候海盗们见势不利，许多海盗便开始向南转移，其中以刘香的余步最为多见。
这些海盗来到南洋之后对西班牙人的航线的威胁比较大，因此西班牙人出动舰船对他们进行了几次围剿，将他们的大股势力剿灭。剩下的海盗开始分散开来，各自占据一岛一屿发展自己的势力，不到二十年就恢复了过来，加上1646年郑芝龙接受清廷的招安，南洋一带郑家的水军势力大减，所以近来海盗的活动有愈演愈烈的趋势.
中华军找来当地的华人户附近的渔民了解情况，知道了菲律宾附近的海盗大约有十几股，大多数都是只有两三艘船甚至只有一艘船的小海盗，这种规模的海盗活动的范围都不是很大，一般都在南北航道附近海域出没。因为这时候中国的造船技术跟欧洲的差距有逐渐拉大的趋势，所以这些海盗的势力相对于西方海盗来说算是比较弱小的，但是他们有着海盗共有的特性，冷血残忍，嗜钱如命，不仅为海上的贸易产生极大的威胁和破坏，而且还会威胁到附近的一些渔村和靠海的村庄。
这其中有一支比较大的势力，这群海盗拥有一片岛屿，首领姓秦，人称秦老大。具体的年龄和姓名不详，据说他为人十分残忍，遭受他们这群海盗打劫过的商船上面的船员几乎从无活口，唯一的一名目击者是一名水手。因为当时被船上的烟熏的昏过去了，掉到海里被附近的渔民所救，这才使得其他人知道了这样的一伙海盗，为此事马尼拉的西班牙人还大动干戈，派了四五艘战舰出去寻找这一伙海盗，但是他们在事发海域转悠了几天也没找到这群人。最后只好无功而返。