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拿到了神龙计划的主导权，杜克只觉得自己身上的担子更重了，只是这个计划事关重大，仅仅是研发方面的投入每年就将达到数百亿人民币，涉及到数以十万计的各种领域研发人员，无人机这块基本上确定让d**来负责，在进行资源整合的时候，秦泰然大刀阔斧将中航工业研发资源进行了调整。
有了在兵工的经验，秦泰然处理中航工业研发资源显得更加游刃有余，尤其是将杜克那边行之有效的一套全新研发管理系统部署到位后，中航旗下各个研发机构的项目进展都能够及时让第三方监理机构进行审查。
这套功能强大的研发管理系统信息流通顺畅，通过专用军网将全国中航旗下研发机构连成一体，将以前的信息孤岛变成了一个超大的局域网，通过云虚拟应用将管理和研发进行了有效区隔，很好的解决了进展监控和保密研发两大问题。
由于监控进度的专家根本不用同承担业务的单位人员见面，直接通过网络进行进展评估，这让习惯进行人情攻势的研发机构感觉到了危机，进度同经费划拨强相关的管理措施让他们不得不将项目进展放到了第一位，这从体制上改革了原有研发管理的很多弊端，所以尽管秦泰然遇到了极大的传统势力的阻力，但是仍然强力地推行了下去。
他可不能像杜克那样直接用钱和透明化进度方式来解决研发的两大驱动力，但是能够将进度尽量透明化，卡住经费划拨的标准，仍然能够大幅度改善原有研发体系的不足。加上杜克通过自产廉价服务器组成的超级计算集群开发环境和各种高效的虚拟仿真应用程序，研究人员能够用计算机设计和测试解决百分之八十以上的问题。
这就大大缩减了一款新产品的研发周期，让原来需要35年才能得到成果的项目，大幅缩减到12年就能够看到成果，特别是航空发动机和飞机气动外形设计这类的研发工作，更是在新研发环境下进展惊人，通过了计算机模拟仿真的电子设计方案，在经过计算机风洞仿真模拟测试后，再制造原型机在实际的风洞中测试，返工工作只有原来的百分之几。
杜克主持开发的大量仿真应用程序的使用，从工具上为军工研发机构插上了飞速前行的翅膀。
被美国佬挑拨而暂时中断一段时间的军工研发在重新启动后，呈现出来更加迅猛的发展态势，杜克这个第一次站在军工研发前台的首席科学家，在航空领域的研发中不断吸收和积累相关的知识，为克里提供了一个极其翔实的知识库后，让杜克有能力去判断各个子项目技术方向是否存在重大缺陷，以及当前进展是否符合预期。
所以，很快，杜克就在航空领域也建立起技术权威的威信，让各个研发机构再也不敢以外行来看杜克，在他们的眼中，这个极度擅长学习的年轻天才，无论学习什么都能够飞速上手，并很快就成为行家里手，实在是一个无法糊弄的真正专家，比起之前挂名的那些所谓首席科学家来说，那真是有天壤之别。
所以，这个庞大的研发队伍开始一点点在改变，尤其是进度落后预期的部门，如果没有实打实的重大技术障碍说服进度监控的第三方监理专家，那么研究经费就会被暂停，更为严重的是，在连续三次无法达标，整个项目都会被停掉，转移到其它兄弟研究部门承担。
而进度超前的部门，则不但会提前拨付同进度相匹配的经费，还根据进度提前量有着各种规格的奖励基金，提前完成项目研发并不扣减相关的研究预算，让节省下来的费用可以成为项目组额外的奖励基金一一在预算的时候各个项目的进度和费用核算都有一套严格的规则，相对而言预算数据符合当前各研发机构的平均水平。
如果同时研发成果指标超过预计水平，更会得到重奖。
经过了这个大刀阔斧的改变，2个多月后，当大部分项目进入了第一个里程碑验收阶段，秦泰然惊喜地发现很多子领域的研究项目从历史数据看大多是超预算、超进度都无法完成，在新制度实施后，进度超期的项目几乎绝迹，因为就算偶尔有特别重大的技术难关，有杜克直属专家组和杜克本人协助解决，通常延期十来天也就解决了问题。
“各位首长，我们神龙计划涉及到的200多个大中型项目，迄今为止，按计划应该到达第一个里程碑有182个，实际按期到达的有178个，按期到达率高达百分之九十七点八，其中有百分之三十的项目阶段性成果性能指标超过预期，比如我们的ws13d，ws18项目，已经完成了计算机仿真建模的第一个核心机版本，模拟仿真验收测试结果表明，现在的各项指标已经到达了项目最终指标的百分之九十，大大超过了第一个版本的预期指标，使得我们现在就可以根据第一个核心机计算机模型版本开发实际原型，这大大提高了我们的进度。”
面对总参和总装各部门的负责人，秦泰然在做神龙进展报告时候显得非常兴奋，他们也的确有兴奋的理由，按照以前的经验，我们拿到别人的成套资料和毛料件仿制一款发动机都需要3年左右的时间，现在研制一款新型的发动机，尽管是在几种前代产品基础上改进，仅仅用2个多月就完成了电子建模，这个进度也是相当惊人。