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时间进入九月份，张学良果然在奉天发表声明，全力支持中央政府，接着东北军大举入关。由于傅作义事先做了充足的准备，并派出一旅人马由廊坊出击，在北平和天津之间进行了有效的阻击，延缓了东北军进军的速度，从而为他安全撤退赢得了时间。
接着傅作义率部，经北平沿着平绥铁路向张家口撤退，他们的目的地是撤往山西大同。截止到九月下旬，傅部已经进入安全地带。傅作义的妻女仍然留在了北平穆府，一路上傅作义心情十分颓废，今后何去何从？让他十分迷茫。
同样是九月份，王德彪率领一部分兵力进入甘肃萧州，并接受马步青的整编。一切都在按部就班。与此同时，鲁大虎率部进入甘肃，并于九月下旬占领兰州。历时五个月的中原大战，终于进入尾声，中国的政治格局，经过一场残酷的战争，将进入以蒋介石为首的统一的格局。但是这场大战带来的负面影响，很快就会显现。
十月初，阎锡山在郑州和汪精卫会面，就商讨通电停战等一系列问题进行会晤。当天阎锡山便和汪精卫达成私下协议，阎锡山企图利用汪精卫的政治影响力，为自己谋取一份好处。当天晚上阎锡山返回石家庄。而冯玉祥也率领部分司令部人员撤退到黄河以北的新乡，蒋军部队于十月六日进入郑州，中原大战终于烟消灰灭。
随后的政治斡旋稍后展开，在大战进入尾声的时候，蒋介石的心腹大患自然是放在了南方，他为了迅速抽调主力部队回江南对红军作战，表示对善后处理以宽大为怀。并将收拾华北残局交给张学良全权处理，尤其是对河南的军事也摆出一了百了的姿态，以求政治解决。
接着蒋介石派出和西北军关系密切的人士，到河南处理善后事宜，而冯玉祥把兵权交给了鹿钟麟，并表示本人不再过问军事。随后，鹿钟麟和蒋的代表进行接洽，并提出条件：1，冯玉祥下野外游，希望给予方便。2，军队由鹿钟麟负责改编，保留10个师的编制，并以河南西部及陕甘为驻防区域。3，划拨编遣费300万元。
鉴于西北军大部分已经投靠，在这种情况下，蒋介石自然不会允许西北军这个集团继续存在下去，几经商讨没有结果。此时，西北军的各支部队，已经完全分崩离析，蒋介石堂而皇之的委任他们，虽然是名义上的，但是这是大势所趋，冯玉祥也没有办法。
十月八日，冯玉祥前往石家庄，并和阎锡山商谈，两个败军之将现在反而冰释前嫌，随即达成协议，阎锡山表示暂时把军权交给徐永昌，冯玉祥表示把西北军交给鹿钟麟。他们两人出国暂避，然后他们分别通电下野。
而冯玉祥回到晋城，没有表示出国远游的意思。他仍然抱着幻想，希望掌握着西北军这部分残余力量回西北继续发展。接着他又做出新的决定，把兵权交给了心腹孙良城，此时孙良城已经没有一兵一卒，自然无法驾驭各支部队。
后来，鹿钟麟到南京斡旋，但是蒋介石对他十分冷淡，并表示冯玉祥和他必须下野，没有商量余地，鹿钟麟见大势已去，被迫通电下野。由于，杨虎城率部返回西安，刘郁芬被迫离开返回兰州。冯玉祥重返西北的打算完全绝望，不得不离开军队前往晋祠隐退。至此，冯玉祥惨淡经营历时二十余年的西北军遂完全瓦解崩溃。
阎锡山返回太原，穆亚平见到他时，和当初逐鹿中原征战的模样简直是判若两人。阎锡山似乎老了许多，头上出现了白发。阎锡山见到英气勃勃的穆亚平说：“早知现在，何必当初不自量力。我阎锡山一世精明，竟然落得如此下场，此乃天意。”
穆亚平劝慰说：“阎长官，胜败乃兵家常事。常言说：留得青山在，不怕没柴烧。你现在是以退为进，我相信过不了多久，你还会主政山西。我穆亚平身受阎长官恩惠，追随阎长官至死不渝，我穆亚平对天起誓。”此时，穆亚平表忠心，时机选择的恰如其分。
阎锡山有些感动，望着眼前的年轻才俊，随即他改变了原来的想法说：“知我者，穆老弟也。为了山西的父老乡亲，我准备让你担任军政部长一职，并统领山西军务。我苦心经营的军队，今后就仰仗你了，不要让我失望呀！”