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除了改组朝内，最重要的军权王岚平肯定要牢牢地抓在手里。
军政司下设左右二司，军政左司统兵，最高官为提督加授龙虎将军（正二品），右司持调兵令，最高官为郎中令（正二品），换句话说，左司全是武将，有统兵权无调兵权，右司为文官，也就是随军参谋（参赞军机），有调兵权，无统兵权，若无战事，随军参赞回相府待命，兵归于将。
若有战事，王岚平分别给二人分发虎符，合二为一后军队方可调动。
状元军一万二千人改为羽林卫，又分左右两卫，王岚平相府亲卫军，驻扎紫禁城内，宋宪为左营指挥使，授龙虎将军，宋大力为右营指挥使，授龙虎将军。
除此之外，象山十五万大军也统一整编，裁撤老弱伤残，仍有近十二万多人的规模。
九万人共编为六大营，是为：
定远营，指挥使曹鼎蛟。
怀远营，指挥使方国安。
安远营，指挥使陈万良。
镇远营，指挥使张秉贞。
威远营，指挥使王之仁。
平远营，指挥使杨文骢。
加上宋宪的羽林卫，一共七大营，共计八万五千兵马。
军中编制为，十人为什，设什长一人，由执短刃盾兵三人、弩兵两人、三眼铳兵两人、长枪兵一人、大刀兵两人组成，包括什长在内共11人，食正九品秩。
三什为队，设队长一人，食正八品秩，共33人；
三队为校，设百夫长一人。食正七品秩，共100人；
三校为标，设把总一人，食正六品秩，共301人；
三标为卫，设千总一人。食正四品秩，共904人；
三卫为镇，设参将一人，授宣威将军，共2713人；
三镇为营，设指挥使一人，授龙虎将军。
每营配属短刃盾兵500人，轻骑兵500人，长弓兵500人。火枪兵300人（清一色火绳】∏】∏，枪），医官20人，哨骑兵200人，后勤及工兵2000人，营指挥使将军直属兵力共4020人，另有野战大将军炮二十门，炮兵200人。
全营在满编满员下，共计12359人。所有营指挥使均在相府下设的军政左司挂职。
郑森也授龙虎将军，但不再掌兵。出任相府军政左司提督，处理各营协调事宜。
其余三万人编入南京守备营，守备衙门在京城内分设十处，每处设一名参将统兵，彼此无归属权，每处三千兵。互相牵制，军权归相府，拱卫京师。
象山大营以一个月一轮，每次两营人马前去操练，其余则在城内休整。
各营也都重新规制了军旗的样式和色别。军旗的样式有点像挂在街头酒楼门口的酒幡，只不过是横着的，如一个向右边倒下去的‘山字。’
定远营为兰旗镶红边，飘黄带，旗枪尖挂红穗。
安远营为红旗镶蓝边，飘黄带，挂红穗。
怀远营为黑旗镶白边，飘黄带，挂红穗。
镇远营为蓝旗镶黑边，飘黄带，挂红穗。
威远营为白旗镶黑边，飘黄带，挂红穗。
平远营为白旗镶蓝边，飘黄带，挂红穗。
羽林卫本应该是天子禁军，所以军旗为纯黄，飘黄带，挂黄穗
旗帜鲜明为的是在战场上能让士兵们别跑散了，能及时地找到自己队伍，也算是一种最简单直观的军事信号。
旗帜中间绣各级将领的职位及姓氏。
在旗帜尾部飘的带子多少则表示这支兵马的统帅级别和人数，营旗为五根，镇旗为四根，卫旗三根，再往下就没有旗帜了，通讯基本靠喊。
（以上旗帜取材于戚继光的纪效新书，明军练兵实录，稍稍改编，真实的明军军旗，好几十种，一堆颜色搭配）
七营大军聚到一起，那真叫一壮观，那才真的是旌旗漫天招展，兵威雄壮。
朝廷的兵部也还保留着部分权力，那就是征兵，抚恤将士家属，粮饷调配等一些后勤事宜。
这次变兵后，共查抄各级大臣共四十七人，查得赃银一千余万两，大大充实了国库，各有将士也都领到了双份的饷银，人人欢喜。
在京仍在职官员也在年前开了双俸，满朝上下那真的是能和和气气的过一个肥年了。
在相府里，王岚平的亲兵卫队两百人日夜轮班值岗，方法腰配利刀随时在侧护卫。