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洪武二十七年（1394年），朱元璋杀江夏侯周德兴，以及杀颖国公傅友德，与他同时被杀的还有蓝玉的副将，在捕鱼儿海战役中立功的定远侯王弼，蓝玉死后不久，定远侯王弼就对傅友德说：“帝晚岁峻诛杀，我辈几无噍类矣”，朱元璋知悉后，赐死王弼。
洪武二十八年（1395年），开国六公爵最后一位仅存者冯胜被杀。至此，明朝的开国功臣几乎被杀尽，开国六公爵除了邓愈外，可以说无一善终。这时朱元璋说：“自今胡党蓝党概赦不问。”朱元璋晚年嗜杀，大臣们祇要观察皇帝当日临朝的穿戴，即悉皇帝心情好不好，“太祖视朝，若举带当胸，则是日诛夷盖寡，若按而下之，则倾朝无人色矣。”
总括而言，朱元璋诛杀功臣是铁的事实，这也造成靖难之役时，能勤王卫主的老臣已经不多见，仅存者只剩下武定侯郭英、长兴侯耿炳文等人。曾经向朱元璋建议“高筑墙，广积粮，缓称王”的朱升，洪武三年告老还乡，特地向皇帝请求赏赐“免死券”，但他的儿子朱同最后被赐自缢。清代学者赵翼说朱元璋：“借诸功臣以取天下，及天下既定，即尽举取天下之人而尽杀之，其残忍实千古所未有。”
除大诛功臣外，太祖也杀文人，吴晗《朱元璋传》中开列了被杀文人的名单：“处州教授苏伯衡以表笺论死；太常卿张羽坐事投江死（注，不是他跳江自杀，而是绑起来扔到长江里）；河南左布政使徐贲下狱死；苏州经历孙右；曾为蓝玉题画，泰安州知州王蒙尝谒胡惟庸，在胡家看画，王行曾作过蓝玉家馆客，都以党案被杀；郭奎曾参朱文正军事，文正被杀，奎也论死；王彝坐魏观案死；同修《元史》的山东副使张梦兼、博野知县傅恕、福建佥事谢肃都坐事死，曾在何真幕府的赵介，死在被逮途中，曾在张士诚处作客，打算投奔扩廓帖木儿的戴良，畏罪自杀。不死的，如曾修《元史》的张宣，谪徙濠州；杨基罚作苦工；乌斯道谪役定远；顾德辉父子在张士诚亡后，并徙濠梁，都算是十分侥幸的了。”
有个别说法称，明太祖虽标榜复古，但有部分制度是学习元朝的，例如廷杖与责打臣下，有人称其违反了“刑不上大夫”的古训。另外，其为了动员全社会，他十分重视户口普查，每个人有固定的义务，每个大臣首先是家臣，然后才是大臣。人民分为军户、匠户、民户，不允许随便转换工作，这与成吉思汗的十户非常相似。从前大臣上朝是不用跪对的，明朝则要。
明宣宗朱瞻基（1398年－1435年）明仁宗朱高炽长子，永乐九年（1411年）立为皇太孙，数度随成祖征讨。洪熙元年（1425年）即位，年号宣德，成为明朝第五位皇帝。宣德元年（1426年）平定汉王朱高煦叛乱，他和其父一样，比较能倾听臣下的意见，听从阁臣杨士奇、杨荣等建议，停止对交阯用兵，与明仁宗并称“仁宣之治”，宣宗时君臣关系融洽，经济也稳步发展。
宣德皇帝既是一个有较高文化素质的皇帝，又是一个喜欢射猎、美食、斗促织（蟋蟀）和戏游无度的皇帝。《聊斋志异》里的名篇《促织》里的皇帝正是明宣宗，人称“蛐蛐皇帝”，吴伟业有《明宣宗御用戗金蟋蟀盆歌》。
明宣宗当政十年，重点在治理内政方面：
宣德元年（1426年）平定了汉王朱高煦的叛乱，将汉王朱高煦用鼎扣住，烧烤至死，诸子全部处死。
为了休兵养民，宣宗一改永乐时期的讨伐政策，主动从交阯撤兵，节省了财力，减轻了人民的负担，促进了中国各族人民与交阯的交流。
整顿统治机构，罢免“贪津不律”、“不达政体”、“年老体疾”的官员，实行精简和裁冗措施，以振朝风。
在用人方面限制入仕人数，实行保举和欠任。
实行了一些减轻民困的措施，减免税粮、复业流民、赈灾救荒等。