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就连陈寅恪这样的学术大家也对这个问题怀有兴趣，并给傅斯年提供相关史料。可见，成祖生母问题并不是一个无关紧要的问题。对于实行嫡长子皇位继承制的明朝来说，这关系到嫡庶问题，并进而关系到帝位的合法性问题。对于后世的人们而言，明白这个问题，也就多少会对明初的政治情势有所了解。
总起来看，关于成祖生母问题的说法主要有三种：
马皇后说。明成祖朱棣自称是孝慈高皇后（即马皇后）所生。马皇后，凤阳宿县（今安徽宿县）人，濠州红巾军郭子兴养女。至正十二年（1352）郭子兴将其许配给部将朱元璋。当年朱元璋受到了郭子兴的猜忌，马氏多次从中调解周旋。明朝建立后，朱元璋册封她为皇后，对她十分信赖，多次听从她的意见宽免大臣过错，因此有人将她与历史上的贤后唐代长孙皇后相提并论。
《太祖实录》和《太宗实录》都说朱棣为马皇后所生，后来的史籍如《明史》等正史多因循这种说法。
但是除朱棣外，马皇后亲生皇子都有谁，又有着不同的解释。一种说法认为马皇后生懿文太子、秦王、晋王、燕王、周王。朱棣在夺取皇位后，马上让人编了一部叫《奉天靖难记》的书，为自己篡夺皇位辩解。该书开卷就标榜自己是马皇后的嫡子：”今上皇帝（指成祖朱棣），太祖高皇帝第四子。母孝慈高皇后生五子：长懿文太子，次秦王，次晋王，次今上皇帝，次周王也。”还有一种说法认为马皇后只亲生燕王，周王，懿文太子、秦王、晋王都不是马皇后亲生。其实仔细推敲起来就会发现，《太祖实录》为成祖朱棣所修（成祖为了抹杀自己即位前的真实事实，曾两次改修《太祖实录》，删减篡改之处甚多），《太宗实录》为宣宗所修北京觉生寺永乐大钟，其中自然也有粉饰的成分，当然宣称朱棣为马皇后的嫡子。
另外还有人认为马皇后根本就没有皇子，这几个都不是她亲生的，只不过是抱过来抚养成人而已。
妃说。成祖为马皇后所生的说法到了明中后期就受到了质疑，而妃说浮出水面。有人认为妃是高丽人，也有人称她是元顺帝的妃子，抑或是高丽人而成了元顺帝妃子，不得而知。
这种说法的直接证据是《太常寺志》。太常寺是明朝管理祭祀礼乐的机构，皇家宗庙的祭祀就由其负责。《太常寺志》对孝陵（即太祖朱元璋的陵寝）神位的记载如下：
左一位，淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王、晋恭王。右一位妃，生成祖文皇帝。
太常寺是皇家机构，这样严肃的问题不应该胡乱记载，可惜这本书没有流传下来。明代文人对这种资料将信将疑，但还是觉得有合理的地方，万历时期的文人何乔远就持这种观点，”臣于南京见《太常寺志》，云帝（明成祖）为妃所生，而玉牒则为高后第四子。玉牒出当日史臣所纂，既无可疑。南（京）太常职掌相沿，又未知其据。臣谨备载之，以俟后人博考”。
明末清初的钱谦益和李清见到这样的记载也无法判断孰是孰非。钱谦益当时是南明弘光朝的礼部尚书，李清曾任大理寺左丞，二人利用职务之便，于弘光元年元旦利用祭祀孝陵的时机，悄然打开孝陵寝殿，”入视果然，乃信”。