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“在殿凡五六十人，痛哭仆地，俱矢随亡，帝曰：”多人不能无生得失，有等任事著名，势必穷诘；有等妻子在任，心必萦系，宜各从便。”御史曾凤韶曰：”愿即以死报陛下！”帝麾诸臣，大恸，引去若干人。九人从帝至鬼门，而一舟舣（yi）岸，为神乐观道士王升，见帝，叩头称万岁，曰：”臣固知陛下之来也。畴昔高皇帝见梦，令臣至此耳！”乃乘舟至太平门，升导至观，已薄暮矣。俄而杨应能、叶希贤等十三人同至。
上面这段文字的真实性的确让人有所怀疑，可谷应泰偏偏讲得栩栩如生，真是令人真假难辨。建文帝到底是自焚而死呢，还是由密道逃离南京？史学家对此各持一说，尚无定论。当年清朝编修《明史》之时，明史馆中诸史臣即对此意见不一。撰写《明史·恭闵帝本纪》的徐嘉炎认为建文帝未死于火，而是逊国外逃。而同在明史馆的著名学者朱彝尊则相信《明实录》的记载，认为建文帝已死于火。于是，正如我们所见，《明史·恭闵帝本纪》便有如下的表述：”宫中火起，帝不知所终。”看来当时谁也拿不出证据证明自己的观点，只好选择这种折中的意见。
现在，随着对建文帝出亡问题研究的不断深入，对史料掌握的不断增多，相信建文帝未自焚而是出亡的人渐多。那么，明成祖朱棣礼葬的是建文帝吗？有人认为当时下葬的并不是建文帝而很可能是马皇后。朱棣在废墟中找到的尸身面目全非，难以分辨真伪。而且，史料没有发现安葬马皇后的记载。还有一点值得注意的是，在明朝中后期竟然没有人知道建文帝葬于何处，可见当时的人也都不认为真的安葬过建文帝，因此不用祭奠扫墓，时间久远就变得无人知晓了。其实，朱棣本人也可能知道礼葬的并不是建文帝本人，但这并不影响举行礼葬仪式，因为只有这样才可以遮蔽天下人耳目，才可以名正言顺地坐上皇帝的宝座。
另外的一个疑点就是城破时没有发现建文帝的长子。当时建文帝有两个皇子：长子朱文奎，7岁，次子朱文圭，2岁。朱文圭，史称建庶人，被成祖幽禁在广安宫，直到英宗天顺年间才被放出来，当时已经57岁了。由于一直被关在宫内，出来时连牛马都分辨不清。然而作为建文帝长子的朱文奎却一直下落不明，《明史》中说”燕师入，七岁矣，莫知所终”。既然朱文奎可以逃脱，没有理由相信建文帝不能出亡。而且，所谓的”靖难之役”长达4年，并非朝夕之间，建文帝有充分的时间准备。朱棣进入南京时，江南、西北、西南、东南等大部分还都不在朱棣的控制之下，建文帝有能力组织有效的反攻。
那么，既然建文帝有可能逊国出亡，他又去了哪里呢？综合各种资料，有如下几种说法：
逊国为僧，云游四方正如《明史纪事本末》记载，建文帝从南京逃出后，带着杨应能、叶希贤、程济两比丘一道，隐名易服，云游天下。学者根据地方志、遗迹、遗址等资料考证，认为建文帝曾流亡于云南、贵州、四川、湖北、江浙、广东等地，《明史纪事本末》说他为逃脱追捕，”西游重庆，东到天台，转入祥符，侨居西粤，中间结庵于白龙，题诗于罗永，两入荆楚之乡，三幸史彬之第”。
西南数省，留有很多有关建文帝的遗址和传说。徐霞客在《徐霞客游记》中记载有建文帝曾在贵州白云山修行时遗留的遗迹：”有巨杉二株，爽立磴（deng）旁，大合三人抱；西一株为火伤其顶，乃建文君所手植也。再折而西半里，为白云寺，则建文君所开山也；前后架阁两重。有泉一坎，在后阁前槛下，是为'跪勺泉 '。下北通阁下石窍，不盈不涸，取者必伏而勺，故名曰'跪'，乃神龙所供建文君者。中通龙潭，时有金鲤出没云。由阁西再北上半里，为流米洞。洞悬山顶危崖间，其门南向，深仅丈余，后有石龛，可旁为榻。其右有**，为米所从出流以供帝者，而今无矣。左有峡高迸，而上透明窗，中架横板，犹云建文帝所遗者，皆神其迹者所托也。洞前凭临诸峰，翠浪千层，环拥回伏，远近皆出足下。洞左构阁，祀建文帝遗像（阁名'潜龙胜迹'，像昔在佛阁，今移置此）乃巡方使胡平运所建，前瞰遥山，右翼米洞，而不掩洞门，其后即山之绝顶。”
一些书中还记载有建文帝的诗文，虽然无法判断是否是后人假托，但还是有些符合建文帝身份的。下面这首诗据说是建文帝避难贵州金竺（今贵州广顺）时所作：
风尘一夕忽南侵，天命潜移四海心。
凤返丹山红日远，龙归沧海碧云深。
紫微有象星还拱，玉漏无声水自沉。
遥想禁城今夜月，六宫犹望翠华临。
朱棣做了皇帝以后，对于建文帝出亡也是将信将疑，又听说了很多传言，于是派户科给事中胡分巡全国。《明史·胡传》载”惠帝之崩于火，或言遁去，诸旧臣多从者，帝（指成祖）疑之。（永乐）五年遣颁御制诸书，并访仙人张邋遢，遍行天下州郡乡邑，隐察建文帝安在，以故在外最久。”朱棣是让胡以颁布御制诸书和访寻张邋遢的名义探寻建文帝的下落，前后长达16年之久。这里所说的张邋遢，就是小说中经常出现的张三丰。他是个奇人，不修边幅，飘忽不定，据说能一日千里。成祖对胡侦缉建文帝的事情非常重视，不允许他为母”丁忧”的请求（官员父母逝世，应守孝三年，称为丁忧）。永乐二十一年，胡匆忙赶回北京，恰巧成祖北征驻军宣府。胡赶到宣府时成祖已经休息，听说胡回来后马上接见，二人一直谈到四更。《明史》中说：”先未至，传言建文蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈浮海下西洋，至是疑始释。”看来胡是打听到了建文的确切消息，似乎事隔多年建文帝已经没有重夺帝位的想法了，成祖朱棣由此放心，不在究问建文帝踪迹。
漂洋出海，不知所终有传言建文帝泛舟出海，去了南洋，并在某个小岛上过着自食其力的恬然隐居生活。当时中国去往南洋的人很多，据说张士诚失败后，他的一些部下就逃往南洋，拓荒移民。近人有人考证建文帝避难泉州开元寺，并在开元寺扬帆出海，最终隐居印尼苏门答腊岛东海岸，然而没有更多的证据，仅仅是猜测而已。
南京鸡鸣寺成祖朱棣担心建文帝纠集当地的中国人，或者是以宗主的身份号召南洋诸国兴兵，因此很不放心，特意派遣郑和数下西洋，一为宣扬国威，一为踪迹建文帝。据《明史》载：”成祖疑惠帝亡海外，欲踪迹之，且欲耀兵异域，示中国富强。永乐三年六月，命和及其侪王景弘等通使西洋，将士卒二万七千八百余人，多赍金币。”在郑和的船队里，还有一部分是锦衣卫，专门负责侦缉，至于是否探知建文帝踪迹,就不得而知了。
北京西山说谷应泰《明史纪事本末》和郑晓《吾学篇》中，记载有正统七年，建文帝因年纪已老，就到广西思恩州官府，自称是建文帝。当地官员急忙上报朝廷，将其送至京师。朝廷派老宦官吴亮前去辨认。建文帝一见到他就叫出了他的名字，吴亮否认。建文帝又说当年他进膳时，扔一片鹅肉到地上，吴亮像狗一样趴下去吃掉。吴亮听后伏地大哭，回去后就上吊死了。建文帝被迎入西内，老死于宫中，葬于西山，不封不树。
其实这是谣言，不过还是有一定根据的。《英宗实录》载正统五年十一月，有个僧人从云南到广西，自称是建文帝，年九十余。当地官员将其遣送到京师，大臣们怀疑他是假冒的。经过究问，他承认本名叫杨行祥，河南人，洪武十七年为僧，受到别人的蛊惑才假冒建文帝的。于是英宗将其押入大牢，过了4个月就死在狱中了，同谋的12名僧人被发配到辽东守边。
江苏吴县说《文汇报》的记者徐作生亲自到江苏吴县去考察，发现了建文帝出亡时遗留下的一些遗迹、遗物，并结合文献资料，认为建文帝当年藏于吴县普济寺内，不多久姚广孝归隐禅寺，在姚广孝的监护下，建文帝隐藏于穹窿山皇驾庵，直到1423年病殒于此，葬于庵后山坡上。这也自成一说。
四川“望京寺”说有人则认为建文帝曾在四川的平昌“佛罗寺”躲藏过，并病逝于此，事后葬于寺后山坡之上。