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在取消逐客令不久，魏国大梁人尉缭也来到了秦国。当时的形势是，秦王已经除掉内部的反对派吕不韦等，大权进一步集中，积极向外扩张，东方各国都个个自危。尉缭向秦王建议说：当前，以秦国的力量消灭东方各国是毫无问题的。但是，如果各个诸侯国联合起来，合纵抗秦，结果就很难说了。因此，不要吝惜财物，向各国掌权的“豪臣”行贿，破坏他们的联合，只用三十万金，就可以达到兼并各个诸侯国的目的。秦王采纳了尉缭的计谋，在同各国进行斗争的过程中，不少次是用此策而取得胜利的。当然，秦国的反间计是以武力为后盾的，正如李斯所讲：“不肯者，利剑刺之”。
秦国坚持接纳、使用客卿的政策，对其经济、政治、军事、文化的迅速发展，都做出了积极的贡献。如秦始皇时代的客卿就有：王崎、茅焦、尉缭、王翦、李斯、王贲、李信、王离、蒙恬等。李斯的《谏逐客书》，对秦网罗天下人才是有功绩的。正当李斯步步高升的时候，秦王却十分喜爱韩非的才华。韩非和李斯是同学，他继承了荀子的学说，并在此基础上，把慎到的“势”，商鞅的“法”，申不害的“术”结合起来，并加以丰富和发展，形成了一套完整的君主**理论。韩非是战国末期的一位大思想家，学问比李斯大得多。韩非因说话口吃，不善辩说，但善于著述。韩非回到韩国以后，看到韩国太弱，多次上书献策，但都未能被采纳。于是，韩非发愤著书，先后写出《孤愤》、《五蠹》音妒、《说难》等。他的书传到秦国，由于讲的都是“尊主安国”的理论，秦王非常赞赏韩非的才华，并说：“我要是能见到此人，和他交往，死而无恨。”不久，因秦国攻韩，韩王不得不起用韩非，并派他出使秦国。秦王很喜欢韩非，但还没有决定是否留用。李斯知道韩非的本事比自己大，害怕秦王重用他，对自己的前途不利，就向秦王讲韩非的坏话。他说：“韩非是韩王的同族，大王要消灭各国，韩非爱韩不爱秦，这是人之常情。如果大王决定不用韩非，把他放走，对我们不利，不如把他杀掉。”秦王轻信李斯的话，把韩非抓起来。根据秦国法令的规定，狱中的囚犯无权上书申辩。韩非到秦国以后，又得罪了姚贾。姚贾为秦国立过功，深得秦王的重用，被任命为上卿。韩非却向秦王说，姚贾出身不高贵，当过大盗，在赵国做官时被赶跑了，认为用这样的人是很不应该的，使得秦王很扫兴。事后秦王又向姚贾问起韩非，姚贯当然不会讲韩非的好话。在李斯和姚贾的串通下，韩非没有办法，只好吃了李斯送来的毒药，自杀而死。从此以后，李斯没有对手，更可以施展自己的才能，为秦王统一六国出谋划策了。郡县制与焚书秦王政二十六年（前221年），秦王结束了长期分裂的割据局面，统一了中国，建立了一个东到大海，南达岭南，西至甘青高原，北至今内蒙古、辽东的空前的封建大一统国家。秦王，这时已称为秦始皇了。为了巩固这个封建统一的国家，李斯也是做了一定贡献的。
（另有一说，李斯一直想将韩非留在秦国，等秦灭韩之后再为秦国所用。但由于韩非之书《韩非子》对于帝王之术、统治之术的分析过于透彻，导致秦王嬴政对其才华感到恐惧，加上韩非的三条不利于秦国发展的建议、姚贾的陷害，使秦王嬴政将韩非下狱拷打。李斯实心欲救韩非，曾帮韩非呈韩非绝笔之作《初见秦》于秦王嬴政，无奈秦王嬴政铁心欲除韩非。后秦王嬴政以韩非书中《八经》之三中除“阴奸”之术施于韩非：令李斯去处理韩非一案（结合之前所言即让李斯杀死韩非），嫁祸于李斯，从而不背骂名。李斯无奈，只得从命而下毒于韩非饮食，使韩非暴毙而亡。）
力驳分封定制颁法
秦统一以后，丞相王绾首先提出全国地方太大，难以管理，要求象周代那样，封秦始皇诸子为王。秦始皇召开群臣会议讨论，群臣都赞同王绾的意见，只有李斯提出不同的意见。他说：周文王、周武王封的子弟很多，后来一个个都疏远了，互相视为仇敌，经常发生战争，周天子也不能禁止。现在天下一统，应实行郡县，天下才得以安宁。秦始皇也认为，天下已经统一了，再立许多国，不利于统一，安宁也没有保障，所以支持李斯的意见。于是，他把全国分为三十六郡，郡以下为县。郡县制比之分封制是一个进步，有利于国家的统一。
秦始皇三十四年（前213年），群臣聚集在咸阳宫称颂秦始皇时，博士淳于越很不知趣，向秦始皇说：殷周之所以存在千年，是因为它把天下分封给子弟和功臣。现在天下如此之大，宗室子弟没有封地，和百姓一样，万一发生了田常、六卿之变，又有谁来相救呢？凡是不以古为师而天下能长久的，没有听说过。淳于越是以儒家的立场来看待秦朝的政治，同秦始皇的思想和行动是格格不入的，使得秦始皇大为不满，把淳于越交给丞相李斯处理。李斯不赞同淳于越的看法，他向秦始皇阐述了自己的观点。他认为：由于时代的变化，五帝三代的治国办法也不同。三代时期的做法，也并不值得效法。那时候诸侯并列，互相争夺，现在天下统一，情况完全不同，不必效法古代。现在的一些儒生总讲古代如何如何好，这是以古非今，搅乱民心。对于造谣惑众，不利于统一天下的言行必须禁止，否则将会影响政局的稳定，有损于皇帝的权威。最后，他又把这一切都归罪为读书的缘故，建议秦始皇下令焚书。
按照李斯制定的法令，那是相当残苛的。凡是秦记以外的史书，不是博士（指掌管古今文史典籍的官）所藏的诗、书、百家语都要烧掉，只准留下医药、卜筮、种树之书。此后，如果有敢再谈论诗书者“弃市”（指在闹市区执行死刑，并将尸体暴露街头，称为弃市）；“以古非今者族，（指一人有罪，父母兄弟妻子皆受刑，称为族）”；官吏如果知道而不检举者，与之同罪；令下后三十日仍不烧者，黥意为用刀刺刻额颊等处再潦上墨为“城旦”（一种刑罚，输边筑长城四年）。有想学习法令的，要以吏为师。
这次焚书的原因，是由于讨论是否分封的问题而引起的，无论是主张分封还是反对分封的大臣，都是为了秦始皇长久统治打算卜他们并无根本利益上的对立。李斯借题发挥，最后竟造成焚书的结局，也不是没有缘由的。
秦国自商鞅变法以来，一直是以法家理论作为治国的指导思想。秦始皇统一天下之后，也是以法家治国的。在他当皇帝的九年中，主要精力是用在建立中央**政权，划定全国疆域，统一文字度量衡，修筑长城等，对文化思想方面很少注意。淳于越以儒家思想为秦始皇出谋划策，是不利于秦的中央集权统治的。因此，善于领会秦始皇意图的李斯，为了打击儒家势力，巩固统一政权，提出了上述焚书的主张，得到了秦始皇的同意和批准。于是，秦始皇下令焚书，先秦许多文献古籍都被烧掉了，使中国文化遭到了巨大的损失。
在焚书的第二年，即秦始皇三十五年（公元前212年），两个术士暗地里诽谤秦始皇，并亡命而去。秦始皇得知此事，大怒，派御史调查，审理下来，有四百六十余人因此被坑杀。这就是历史上的“坑儒”事件。虽然后世称此事为“坑儒”，但其实被坑杀的是术士，与儒生无关。司马迁在《史记·儒林列传》中已有明言：“及至秦之季世，焚诗书，坑术士。”可见，根本就没儒生什么事。但自东晋年间，梅颐献《古文尚书》，附有孔安国所作的《尚书序》，其中有云：“及秦始皇灭先代典籍，焚书坑儒，天下学士，逃难解散。我先人用藏其家书于屋壁。”这时，坑术士第一次被变性为坑儒。后来，随着《古文尚书》被定为官书，坑儒的说法于是沿袭下来，遂成定论。对于梅颐所献的《古文尚书》及孔安国所作《尚书序》，前人多有辨疑，到了清代，其伪书的身份已成盖棺定论。伪造者将坑术士改为坑儒，其实也只是为了引出下句“我先人用藏其家书于屋壁”，从而表示《古文尚书》其来有自。考其最初用意，大概也只是欲售其伪，并无心向嬴政泼脏水。后世却据此将坑儒判为铁案，想必是大大出乎其意料之外的了。
（文献古籍在秦朝廷中都有存本，至于被烧毁，那应该感谢项羽的那把火，而不要一味的怪李斯。）
二世帮凶腰斩灭族
由于秦始皇的赏识，李斯不仅官运亨通，他的子女也都跟着沾光。李斯的长子李由做三川郡守，掌握了一定的军政大权，其他子女也都与帝室结了婚姻关系。有一次，李由回到咸阳，李斯摆设家宴，百官都来赴宴祝酒。在这种热烈的酒席上，李斯想起了他的老师荀卿告诫他的“物忌太盛”这句话，感慨地说：“我是个平民百姓，今天却做了丞相，可以说是富贵到了极点。但是，物盛则衰，我还不知道将来会有什么样的结局呢,由此可见，李斯并没有完全陶醉于高官厚禄之中，他对现实的认识还是比较清醒的。
秦朝建立以后，由于秦始皇对广大人民实行残暴的统治，各地人民群众的反抗从来没有停止过。除了武装斗争形式外，广大人民还以歌谣的形式咒骂秦始皇，如说：“阿房阿房，亡始皇”等。人民群众的不满和反抗，使地主阶级也很担心。因此，秦始皇在统一后的十余年间，先后进行了五次远途巡行。其目的就是到各地耀武扬威，加强对全国的控制。