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国子监的管理设有五厅和六堂，五厅即绳衍厅、博士厅、典籍厅、典簿厅和掌馔厅，六堂即率性堂、修道堂、诚心堂、正义堂、崇志堂和广业堂。
国子监主要学习《四书》、《五经》，另外兼学《性理大全》和律令、书数等。
在明宪宗以前，八股文尚未兴起，国子监有着浓郁的文化氛围，朝鲜、琉球、日本和暹罗等邻国“向慕文教”，不断派遣留学生来学习，盛况空前，
进入国子监读书有四种途径，即：举监、贡监、荫监和例监。
举监：在京城会试中落选的举人，经翰林院择优送入国子监。
贡监：各州县选拔的优秀生员，也就是秀才，进入国子监。
荫监：勋戚或者三品以上官员子弟，又或者得皇恩，进入国子监。
例监：捐纳钱粟进入国子监，又称“民生”。
由于例监是依靠钱财得以进入国子监，故而在国子监中最不受人重视，地位最低，通常都是富商豪贾之子，一是希望子弟能在国子监成材，考上科举，二来也是希望他们拓展人脉，为将来的发展建立人际关系圈。
历史上，直到明景泰元年才开始出现以纳粟纳马者入监读书的监生，又称为俊秀。
例监监生踏入仕途后，所授官职只能是州县的佐贰以及州府的主事、司行等首领官，要是得到京职则只能是光禄寺、上林苑等边缘化衙门，被视为官场上的异途，也被那些举监、贡监和荫监的监生所轻蔑，耻于与其为伍。
在李云天看来，“南北雍论战”是一场大明学术上的盛会，代表了大明最高文化学府的京师国子监和南京国子监将会在京城上演一场龙争虎斗，有利于促进大明文化的发展和繁盛。
可李云天万万想不到的是，南雍和北雍的监生竟然在比试中当着诸位评判的面爆发了严重的冲突，以至于双方用粗鲁的语言互相问候对方家族中的女性，在京城掀起了轩然大波。
李云天更不会想到，引发南雍和北雍冲突的竟然会是讲武堂。
由于同在京城的缘故，讲武堂对京师国子监产生了甚远的影响，经历了最初的鄙夷和嘲讽后，京师国子监的监生们在与讲武堂学员的接触中逐渐意识到了讲武堂所授学科的实用性。
因此，越来越多的监生一改排斥的心理，私下里前往讲武堂听课，讲武堂的一些书籍也开始在国子监流传开来，不少国子监的监生甚至放弃了文举而考新式武举，最后成功进入了讲武堂六大学院。
说起来，京师国子监之所以能这么快就从排斥讲武堂到接纳，与原翰林学士李清正有着莫大的关系。
李清正当年在洪熙帝生病期间进谏，进而触怒了洪熙帝，在李云天的斡旋下李清正得以保全性命，被贬往交趾任职，结果还没等他离开京城洪熙帝就突然驾崩，使得外界认为是他气死了洪熙帝。
宣德帝继位后，本想处死当众冒犯洪熙帝的李清正，是李云天为李清正求情，李清正才得以留在交趾。
李云天平定交趾叛乱期间，李清正因功得以升任交趾布政使司左参政，协助李云天处理交趾政务，进而钦佩李云天的为人，两人进而化敌为友。
交趾平定后，李清正被调回京城担任礼部左侍郎，不过他仅仅在礼部左侍郎上待了一个月就向宣德帝请辞，以身体无法承当礼部繁重的公务为由，向宣德帝请旨，想要调任国子监为国培养人才。
宣德帝见李清正心意已决，故而答应了他的请求，让他以礼部左侍郎的加衔担任京师国子监的祭酒。
李清正就任国子监的祭酒后在京师国子监进行了一场声势浩大的变革，力排众议在京师国子监引进了讲武堂的新式学科，例如算学、物理和化学等等，结果出人意料地受到了监生们的欢迎。
对于京师国子监的监生们来说，这样一来他们无疑多了一条出路，如果文举不中的话还能考武举踏入仕途。
毕竟，会试每三年才有数百名进士，很显然绝大多数的读书人都无法金榜题名，而新式武举的录取的人员则要多得多，讲武堂六大学院每届可录取两三千人。
尤为重要的是，很多监生对讲武堂的算学、物理和化学等学科非常感兴趣，使得他们有了一条全新的人生方向。
事后，人们对李清正放弃堂堂的大明礼部左侍郎而去国子监担任祭酒的原因众说纷纭，有人说他是为了报答李云天的人情，有人说他是受了宣德帝的密旨，还有说他是被讲武堂的新式学科所打动……
其实李清正为何这样做已经无关紧要，重要的是他给京师国子监带来了一场翻天覆地的变革，使得京师国子监的职能随之发生了根本性的转变，逐渐成为了给大明培养综合性人才的最高学府，在京师国子监的历史上留下了浓墨重彩的一笔，可谓功莫大焉。