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公元875年，以王仙芝等为首的上千人，于长垣揭竿而起。很快王仙芝等攻陷了濮州（今河南范县）、曹州，并击败了前来镇压的官军。刚从长安回到曹州家中的黄巢非常郁闷，看到王仙芝的作为，兴奋极了。
黄巢立即把族中的兄弟子侄召集来商量，结果大家一致赞成参加起义军，捞点实惠。于是黄巢与族兄弟子侄黄存、黄揆、黄思邺及外甥林言等八人聚众数千人，响应王仙芝。各地饥饿的农民也争先加入起义军。数月之后，这支起义军已经达到了数万人。
起义军声势浩大，唐朝政府非常恐惧，诏令五路节度使出击义军。乾符三年（公元876年）七月，天平节度使宋威在沂州（今山东临沂）城下击败了义军，宋威失误，认为王仙芝被打死了（实际跑了），所以奏报贼乱已平。几路节度使就这样撤退了。
这给了王仙芝、黄巢一个难得的喘息机会。王仙芝、黄巢利用这一有利时机，经过短暂休整之后，转战河南，迅速攻占了阳翟（今河南禹县）、郏城（今河南郏县）等八县之地。接着，农民军又攻陷了汝州（今河南临汝），王仙芝杀其守将，汝州刺史被迫逃走。王仙芝、黄巢声威大振，连洛阳都被震动，这里的官员纷纷逃跑了。
王仙芝、黄巢又攻破了阳武，胃口一下子大了起来。他们的下一个目标是郑州。可是，郑州可不是这么容易打的，这里城墙高，兵马强。王仙芝和黄巢围攻了几个月都没有打下来，这时一个比较要命的问题来了，那就是粮食问题。王仙芝和黄巢的手下开始纵兵抢掠。从此，这支起义军也干起了杀人、放火的勾当。
在久攻不克郑州的情况下，王仙芝和黄巢开始转变战略，把战线南移，接连进攻申、光、庐、寿，逼近扬州，淮南节度使多次向朝廷告急。唐朝面对巨大的压力，开始使出杀手锏：招安。
王仙芝动心了，朝廷能给自己官做，实在不是白闹。黄巢本来也想接受招安，当年参加科举考试不过也是为了当官。可是当黄巢看到那份封官名单时，不由勃然大怒，因为那上面只有王仙芝的名字，却没有自己的。他恨的不是别的，而是朝廷只知道有个王仙芝，却不知道我黄巢也是个人物。
黄巢开始质问王仙芝：“君降，独得官，五千众且奈何？”然后，挥起拳头重重地打在王仙芝的脸上。王仙芝害怕犯了众怒，所以没敢接受朝廷的官职。
此时的黄巢认清了一个道理，再也不能跟着王仙芝混了，当马仔没有啥前途。所以他拉出了自己的嫡系部队，开始单独跟朝廷做对。后来王仙芝战死，手下的残余势力大部分归于黄巢。
黄巢的人品很差，时不时地向唐朝乞降，几乎每年一次。而当唐朝为他开出不错的价码后，他又公然反悔，他不敢也不想放下手中的武器。他只是通过乞降的方式来为他的下一步计划赢取充裕的准备时间。
黄巢洞悉当时的形势，北方虽然遭遇旱灾，但是北方人素来民风彪悍，士兵也颇为勇敢。所以在河南一带活动，并不会有多大的益处，他把目标定在了南方。
说干就干，黄巢率军南下进攻宣州，在南陵为官军所败；于是又进入浙东，经婺州至衢州，然后披荆斩棘，攻入福建。福州观察使韦岫弃城而逃。
黄巢军队冲进福州，这支军队再也不是我们教科书里那支为了自己的生存而抗争的军队，他们见人就杀，见房子就烧，情景恐怖之极。
黄巢占领福州后，又开始向南运动，包围了广州。
在此期间，黄巢曾致书浙东观察使崔璆、岭南东道节度使李迢，要求朝廷封自己为天平节度使。二人惧怕黄巢威势，极力申奏，但朝廷不许。黄巢不甘心又自己上书，求为广州节度使，可朝廷只授予他府率的官职，并遣使慰问。