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此前，没有带过兵、打过仗的诸葛亮直接被任命为军师中郎将，现在又跨越裨将、偏将等直接被任命为军师将军，说明刘备对诸葛亮已经无比信任和器重，左将军府的日常事务，刘备也交给诸葛亮来处理（署左将军府事）。
左将军府长史任命的是许靖，他跟堂弟许劭主持过著名的“月旦评”，曹操那句“清平之奸贼，乱世之英雄”就是他们给的，和马超一样许靖也有益州人士无法企及的影响力。与长史对应的左将军府司马一职任用了庞羲，之前说过这个人很不简单，是绝对实力派，刘备把他召到左将军府任职，既利用了他在益州的影响力，又解除了他的兵权，不失为一着好棋，庞羲来到刘备手下后便偃旗息鼓，不再生事。
往下是左将军府里的诸曹，其中西曹最重要，刘备任命刘巴为西曹掾，这项任命一来出于对刘巴为化解经济危机立下功劳的回报，二来可能出自于诸葛亮大力推荐，刘备尽管内心里不怎么喜欢刘巴，但脾气不好的人做人事工作倒合适，不怕得罪人。
左将军府其他各处负责人无法细考了，只知道有一个是马良，上次诸葛亮曾派他给刘备送信，马良回到荆州时雒城被攻克，马良为此曾给诸葛亮写信说“听说雒城已拔，此乃天意，尊兄应接受上天安排，辅佐圣君，光耀国家”，从这封信里可以看出马良和诸葛亮之间无话不谈，“尊兄”的称呼在那时不是随便可以使用的，一般有亲戚关系才会用。
左将军府还设从事祭酒、从事，类似于高参、顾问的角色，初期担任过此职的有何宗、秦宓、伊籍等。何宗字彦英，是益州蜀郡人，汉朝司空何武之后，刘璋时曾任犍为郡太守，刘备任命他为从事祭酒，相当于参谋处长；秦宓字子敕，益州广汉郡人，少有才学，州郡征辟皆称病不去，刘备听说他的名声，任命他为从事；伊籍字机伯，祖籍兖州刺史部山阳国，早前追随过刘表，后依附于刘备，担任从事。
以上是左将军府的情况，下面再说说益州牧府。
州牧的主要属官有别驾、治中从事、功曹等，别驾相当于副州长，治中从事是州牧的高级助手，功曹相当于人事处长。刘备请王谋当别驾，王谋字元泰，益州汉嘉郡人，是益州本地大族，史称其有容止、重品行，刘璋时任巴郡太守、治中从事，是益州官场上的重量级人物。
担任治中从事的有黄权、彭羕等人。黄权字公衡，益州巴西郡人，担任过刘璋的主簿，相当于办公室主任，他曾劝谏刘璋不要迎请刘备，因此被刘璋降职为县长。刘璋失败后黄权投降。彭羕字永年，益州广汉郡人，性格高傲，之前只不过做了个书佐一类的小官，被刘备看中，任命为治中从事。
彭羕身高八尺，一表人才，但是个怪人，在刘璋时期他曾被人诽谤，刘璋罚他做苦役。刘备刚进益州彭羕就主动去拜访，接见他的是庞统，庞统与他无旧交，当时有宾客在座，就没怎么理他，彭羕径直到庞统坐榻边躺下，对庞统说：“等客人走后，我与您好好聊聊。”
客人走了，庞统再找彭羕聊，彭羕不聊，要庞统先跟他一起吃好东西，再谈话。吃完，时间也晚了，当晚彭羕便留宿在庞统那里，二人谈了一夜，次日又谈了一天，庞统大为高兴，认为彭羕有才。法正也很了解彭羕，也向刘备推荐，这样刘备对彭羕便格外看中。
州牧府里的功曹品秩虽不高，却是个重要的位置，刘备任命了益州本地人李恢，之前说过刘备曾派李恢去联络马超，促成了马超来投，立下大功。
除了州牧府，还有下面的郡太守和国相。东汉益州刺史部有12个郡国，在选择郡太守、国相方面刘备动了一番脑子，不仅选派一批有行政才干的人才到地方任职，也留任或提拔了一批本地人才。
益州最重要的有两个郡：蜀郡和益州郡。蜀郡太守任命了法正，一来法正很有才干，此次夺取益州他又立下首功，二来他对益州的情况很熟，交给他比较放心。刘备还给了法正一个身份，扬武将军，除了让他当太守也让他领兵，说明法正此时得到了刘备的完全信任。
益州郡太守任命的是诸葛亮，该郡名为益州郡，位置其实很偏，郡治在滇池县，即今云南省滇池东南，辖区主要位于今云南省的东部，距成都上千里，诸葛亮负责左将军府的日常事务，不可能远赴益州郡上任，担任这个职务只是个挂名，或者顶多定期抽时间去益州郡一趟，处理一下太守的事务。刘备可能觉得诸葛亮虽以军师中郎将的身份锻炼了几年，毕竟还没有担任过地方行政负责人，所以安排他兼任益州郡太守，算是弥补这方面的不足。
其他相对重要的郡国里，张飞兼任巴西郡太守，费观为巴郡太守，李严兼任犍为郡太守，江阳郡太守是刘邕，朱提郡太守是邓方。
李严这个人需要多讲一下，他字正方，是荆州刺史部南阳郡人，很有行政才干，刘表曾任命他为秭归县令，秭归是荆州的西大门，反过来也是益州的东大门，曹操南下，秭归有一段时间没人管，李严弃官跑到益州投奔了刘璋，刘璋觉得他是人才，任命他为成都县令，在任上李严获得了能干的名声。刘璋后来让李严任护军，在绵竹一带拒刘备，李严投降，被刘备任命为裨将军，刘备觉得他的特长还是在行政方面，在益州又有名望，就任命他为犍为郡太守。
还有几个可以考证的郡太守：年轻时就与诸葛亮关系密切的向朗被任命为牂牁郡太守，霍峻守葭萌有功，刘备干脆任命他为位于益州北部的梓潼郡的太守，早年便跟随刘备的刘琰被任命为固陵郡太守，马良的弟弟马谡刚入成都时被任命为成都县令，马谡干得不错，后被提拔为越巂郡太守。
刘备入主益州后，对益州的行政区划不断做出调整，郡国的数目持续增加，最多时增加到了27个，所以后来还有更多的人有机会担任郡太守，在跟随刘备从荆州过来的人中陈震担任过汶山郡太守，廖化担任过宜都郡太守，邓芝担任过广汉郡太守。
从上面的职务任命来看，州牧府的主要官员多用的是本地人，而郡太守则多半是随刘备从荆州过来的人，算是一种平衡。