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大量病人送来之后，给了杨仙茅一个很好的观察病情的机会，他需要确定这些病人究竟是怎么得病的，得病之后有些什么症状，尝试着对这些病症进行分类。
这是他判断病因病机的一个基础工作，通过这段时间给病人的诊治，杨仙茅有了新的想法。他马上把费神医请了过来，想请他在一起分析一下自己的方子，看看这样的判断行不行。如果说这个思路可行，他再根据这个思路来确定方剂的配伍。
费神医来了之后杨仙茅直接说道：“费神医，这段时间里，我通过治病发现，这种新的瘟疫实际上可以分为三大类，一类是导致毒性肿瘤的瘟疫。这种肿瘤是由于瘟疫的热毒从皮肤的溃疡或者伤处侵入，从而在脖子腋下或者腹股沟处形成了一种血性的热毒。这种可以用我先前配置的那种方子来治疗，那种方子之所以只能医治三成左右的病人，是因为另外两种瘟疫虽然性质上跟这种瘟疫差不多，但病症不同，因此我那个方子就没有效果了。”
费神医对杨仙茅的这个发现非常的惊讶，频频点头说道：“原来如此，那你发现另外两种是什么样子的？”
“第二种，我把它称为血毒瘟疫，这种瘟疫是由于食用了不洁的食物，使得有热毒的食物进入人的肠胃之后，在肠胃和血液中血毒蒸郁，酿积成毒。外发为黑斑，扩大到整个身体各处。这种就需要用新的肠胃型的药来进行治疗。而第三种则是利用空气，通过人的呼吸进入人的肺部，导致染上肺毒的瘟疫，这种瘟疫典型特征就是吐血。当然这三种瘟疫相互之间并不是截然分开的，有的病人可能只占其中的一种，有的可能是两种或者三种都有。那就需要相应的调整方子。”
费神医捋着胡须频频点头，这段时间他也一直在观察杨仙茅这边的情况。不过他没有像杨仙茅这样，将病归结为几种，然后再针对性的用药。但是杨仙茅的观点在他看来非常有道理，觉得完全可以按照这三种方法来制作三种相应的药方。或者根据病人患有瘟疫的不同情况，来综合调整用药。
在得到费神医的肯定答案之后，杨仙茅的信心强了很多。经过连续几天的配药试验，最终他锁定了一个基本方，并把这种方剂称为加碱解毒活血汤，这个药方是在清热解毒的基础上增加了解血毒清血热活血瘀的功效。基础配方是连翘三钱，柴胡两钱，葛根两钱，生地五钱，当归半钱，赤芍三钱，桃仁八钱，去皮尖打碎。红花五钱，川朴一钱，甘草两钱。
以这个解毒活血汤为基础，针对三种病情再做相应的增减调配组合，从而形成不同的方剂，来抑制不同的症状的病人。这就需要医者对症状有准确的把握，才能做到准确的调配。
杨仙茅用这个方子对他的病人进行针对性治疗，结果经过大量的病案医治之后，确认这个方子治愈率超过了九成。
杨仙茅并没有把这个消息告诉别人，因为他给病人看病的情况王院判和费神医都高度关注，几乎是天天守在旁边看着。每次好一个，他们都会去记录下来。因此当杨仙茅最后的药方取得了超过九成的治愈力的时候，王院判已经连续几道奏折报告给了宋神宗。
宋神宗异常高兴，马上吩咐招见杨仙茅。
杨仙茅不知道这时候皇帝要见他做什么，他其实没什么兴趣去见这位皇帝的。不过思索片刻之后，他还是决定去见见皇帝。毕竟他要娶到药香郡主，最终还得过皇帝这一关，所以还是不能够跟他把关系闹毛了。
进入宫城更为严格，不仅杨仙茅要将全身上下的衣袍换成里面提供的干净的衣袍，而且还要彻底的沐浴并用药水消毒。同时他也不可能长驱直入皇宫，而是在皇宫靠近大门的一处四周用高墙隔离起来的偏殿拜见皇帝。
而见到皇帝时，杨仙茅才知道什么叫做小心谨慎。因为杨仙茅被送到偏殿之后，内侍让他远远的站在门口，不许靠近皇帝，回答要大声。
等了片刻，皇帝终于从后面屏风出来，坐在金銮殿上，距离杨仙茅竟然有百十步以外。而且在这之前，太监已经告诉杨仙茅这个已经是对他的最大的礼遇了。皇帝面见其他大臣，大臣们都是在金銮殿外面等候。需要商议什么，只能在门外大声表述自己的观点，连奏章都不能进来的，就怕把皇帝给传染了。
杨仙茅站在门口望着因为距离比较远看不真切的皇帝，觉得他的气色比较差，看来他经常生病是不假的。杨仙茅已经得到陪他来的太监简单教了拜见皇帝的基本礼仪和注意事项，知道不是正式的大典之类的场合是不需要下跪磕头的。当下躬身一礼说道：“微臣拜见官家。”
“免礼平身。杨爱卿，朕已经听说你找到了治疗瘟疫的药方，而且治愈率能达到九成，朕非常高兴。特意召见你，予以勉励。”
“多谢官家赞誉。能研制出这样的药方，也是托管家的鸿福。”