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玄都闻伏羲言后点点头，随即告辞了神农一行人，驾云而去。
从此，神农但凡见到以前未曾见过的草木便用玄都所给的神鞭赭鞭打一下，看其有毒无毒，并将他们记录下来，等到晚上的时候便将那些毒草服下，检验其毒性的强烈，慢慢的神农发现各种毒药都有都有五行属性，有些厉害的毒药更是混含了数种五行之力，所以才毒性剧烈，神农察其寒、温、平、热之性，辨其君、臣、佐、使之义，慢慢的便可以用之解毒，还可以治病。
一天神农在石缝中找到一支开小黄花的藤状植物，神农用赭鞭打一下发现其中蕴含剧毒，便把花和茎吃到肚子里以后，没有多久，就感到肚子钻心地痛，好像肠子断裂了一样，连忙用功将毒性化解，一会神农起身擦了一下头上的汗说道：“幸好我有老师传下的道法护身，不然就会死在这里了，一定要将这种草记下来告诉族民，以免族民误食而丧命。这种草吃下去肚子钻心地痛，好像肠子断裂了一样，就叫‘断肠草’吧”。
经过数十年的辩尝神农发现甘草可以治疗咳嗽，大黄可以治疗便秘，黄莲可以消肿等等。他又发现了一种绿色叶子地木叶。食之可解百毒。谓之查。又作茶也。神农尝中毒七十余次。均靠着茶叶解毒。
如此，终于将山上的百草尝完。众人正欲返回之时，却惊奇地发现那些冷杉全都长高长大，遍山搭的木架不见了。原来，那些搭架的木杆，落地生根，淋雨吐芽，年深月久，竟然长成了一片茫茫林海，挡住了回去的道路，正不知如何是好，只见从天际落下一辆天车。
旋即带着众人对着这天车拜了三拜，上了天车，一声嘶鸣声中，天车飞腾上天，朝着陈都的方向而去。而那片神农尝百草之地则被后人称为“神农架”。
神农回到陈都之后便开始著书，写下一本药经。书中将洪荒常见之物，不常见之物一一写进书中。只是神农得玄都事先指点，在那药经之前写下是药三分毒之说，这在后世医术上人所皆知。
神农写完药经后，开始研究药理为人族治病。人族中人何其之多，那些病症虽无后世那么多，可每日前来看病求医的也不少，神农一边为人族看病，一边研究治病之法写在药经之上。神农也将这药经传授给人族，让人们知道万物的药性与作用。一些人在神农那里学到不少医理，便开始学神农在人族四方走动，为人治病。这些就是最早的游方郎中。
神农在为人族治病之时，玄都又教神农用针灸之法治病，那人体经脉穴道繁杂无比，熊猫为其指出大概，那些细小之处让神农自己去研究。
为此，神农研究无数尸体写下人体经脉穴道全图，在研究经脉穴位之时而且还把人体研究个透彻，也一并写在书上留于后人学习。本来这人体全图，现在还没人敢研究的，毕竟这是对死人不敬的。那神农身为人族共主，为了人族研究医理，人族自然感激还来不及，倒不会阻止神农此举，倒有不少人前来献身帮助神农研究。这些当然也是人教太清圣人老子首徒推举了，他想让人族医理快速发展，就先让神农把这医术研究个通透，还免去后人不少的麻烦。
神农还在陈都亲自教授族人医药之术，他又发现有些病发起来很快，等药煎好的时候病人已经快不行了，药服下去也不管用了。所以神农又想找到一种方法，将药物的精华全部存下来，在病人刚发病的时候便将其服下，病人便可以乘早将其服下便可以保住性命，神农想了很久，都没找到方法。