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当然，这一龟缩，并不是待在城里不动，而是派遣大量有经验的干部下农村，加强对农村的管理，同时勘探根据地的各种资源，顺便惩戒心向清廷，反对华夏军统治的土豪劣绅什么的。
在这过程中，混元宗倒没打什么大战，但是各种小规模的战斗却不断，虽说混元宗全都打胜了，但也牵扯了大量精力，暂时也没意愿进行大规模作战。
从明朝到清朝向来有官员不下县的说法，也就是朝廷也就管到县城，其余地方其实就归大量的士绅自治。
这种做法弊病繁多，唯一的好处就是让朝廷省心了，但以混元宗来说，绝不会采用如此粗犷的管理方法，之前在广东的根据地就建立过从县到乡甚至村的农村管理体系，也积累了大量优秀的基层干部和治理经验。
为了减少新占领地区的农民对新政权的反抗心理，李仙便下令浙江北部和松江府等地区免三年粮税，倒也获得奇效，至少广大的普通农民对新政权没什么抵触心理。
在这个基础上，李仙还提出“减租减息减税免徭役”的口号，启动村、乡、镇到县的治理体系，建立了一套比清廷严密得多的治理体系。
在这过程中，也有不少士绅以各种方式抗拒，然后又被混元宗以武力镇压或怀柔，这些就不用多说了。
值得一提的是，湖州的几家大户谋划起兵反抗，被强势镇压，大量田产和房屋等都被没收，还让混元宗借机没收其两万担以上的生丝。
单是向外国人出售罚没的生丝，李仙部就获得了超过一千万两以上的财物，接近在杭州的全部收入，算是意外之喜了。
华夏盟中最有实力也最激进的李仙部暂时进入内政模式，这也影响到盟约内的其他势力。
三元观和天地会等在这期间也在宁波不断进行内政管理，各自占据几个县发展为根据地，努力消化这次出兵以来的收获。
在这期间，也就是1846年的后半年的时期，也出现了一些大事。
首先是混元宗通过之前对莆田、福州、杭州以及湖州等地的占领，再通过跟上海的直接贸易的税收等，积累了三千万元以上的财物，便开始大肆扩军。
混元宗以前年收入只有四百万元左右，只能维持三万人左右的正规军，这次发了横财，便决定招募五万名新兵，同时还计划今后两年内继续招募五万兵马。
按照这个计划，混元宗在三年内就能拥有多达十三万人的正规部队，其整体实力会比现在翻两番。
三元观等盟友自然也想趁机扩军，然后就发现相当尴尬的事情，不管是三元观还是天地会，还是杨天明和岳不凡所部，地盘不小，治下的人员数量也充足，但就是没有足够的钱财招募、训练和装备足够多的军队。